Molekularne metode u mikrobiološkoj dijagnostici rane

Uzorak rane ponekad se može analizirati metodama koje traže genetski materijal mikroorganizama. One mogu pronaći više vrsta nego uobičajena kultura, uključujući teško uzgojive bakterije. Ipak, pozitivan rezultat ne znači automatski da pronađeni mikroorganizam uzrokuje infekciju: metoda može otkriti i kolonizatore ili genetski materijal neživih stanica. Rezultat se zato tumači zajedno sa simptomima, izgledom rane, vrstom i dubinom uzorka te drugim nalazima. Kod sumnje na infekciju stopala povezanu sa šećernom bolešću suvremene smjernice i dalje daju prednost pravilno uzetom uzorku i konvencionalnoj kulturi za početnu identifikaciju uzročnika.

Molekularne metode obuhvaćaju ciljane testove nukleinskih kiselina, uključujući lančanu reakciju polimerazom, sekvenciranje amplikona gena 16S ili 18S te metagenomske pristupe. U usporedbi s kulturom mogu detektirati neuzgojive ili sporo rastuće organizme i šire prikazati polimikrobnu zajednicu, ali rezultat ovisi o načinu i dubini uzorkovanja, kontaminaciji, ekstrakciji, odabranoj bazi podataka i bioinformatičkoj obradi. Detekcija DNA ili RNA ne potvrđuje invaziju tkiva, održivost mikroorganizma ni njegovu uzročnu ulogu; relativna zastupljenost nije jednaka kvantitativnom mikrobnom opterećenju, a standardizirani klinički pragovi uglavnom nedostaju. Ove metode također ne daju nužno fenotipsku antimikrobnu osjetljivost. Smjernice IWGDF/IDSA iz 2023. preporučuju konvencionalne, a ne molekularne mikrobiološke tehnike kao prvu liniju identifikacije patogena iz mekog tkiva ili kosti kod infekcije stopala povezane sa šećernom bolešću. Molekularna analiza može biti dopunska u odabranim teško razjašnjivim slučajevima i u istraživanju mikrobioma, uz koordinaciju s mikrobiološkim laboratorijem i tumačenje u kliničkom kontekstu.